Develop and implement methods for automated segmentation of 3D image data of cellular and subcellular structures using cryo-electron tomography and artificial neural networks; collaborate with leading partners from industry and research
Requirements:
A completed master’s degree (or equivalent) in computer science, physics, mathematics or related disciplines with excellent grades; advanced knowledge and experience with deep neural networks; knowledge and experience with image processing; good programming skills in Python, C++, or similar language; creativity and a high degree of commitment to problem solving; good command of written and spoken English
Text:
:"## Wissenschaftliche*r Mitarbeiter*in / Scientific Employee (f/m/d) - WA 02/26nn###### Temporary, Full or part-time u00b7 Zuse-Institut Berlinnn59,578 - 83,892 u20ac per yearnn* * *nnRead job description in:nGermanDEnnEnglishnn##### RahmenbedingungennnIn unserer Arbeitsgruppe Visual Data Analysis innerhalb der Forschungsabteilung Visual and Data-Centric Computingsuchen wir zum nu00e4chstmu00f6glichen Zeitpunkt Verstu00e4rkung in Vollzeit (39,4 Stunden/Woche). Die Stelle ist zunu00e4chst bis zum 31. Dezember 2026 befristet. Sofern die entsprechenden tariflichen und persu00f6nlichen Voraussetzungen vorliegen, richtet sich die Vergu00fctung nach der Entgeltgruppe 13 TV-L.nn##### Was zu tun istnnIm Rahmen dieses Projekts entwickeln und implementieren Sie Methoden zur automatisierten Segmentierung von dreidimensionalen (3D) Bilddaten zellulu00e4rer und subzellulu00e4rer Strukturen, die durch Kryo-Elektronen-Tomographie aufgenommen wurden. Wie keine andere Bildgebungstechnik ermu00f6glicht die Kryo-Elektronen-Tomographie die Aufzeichnung und Analyse von Strukturen einer lebenden Zelle bis hin zu einzelnen Makromoleku00fclen. Fu00fcr die Segmentierung dieser 3D-Daten, die trotz enormer Fortschritte in der Bildgebung nach wie vor eine grou00dfe Herausforderung darstellen, sollen ku00fcnstliche neuronale Netze eingesetzt werden. Die Forschungs- und Entwicklungsarbeiten werden in enger Zusammenarbeit mit bekannten, in ihrem Bereich fu00fchrenden Partnern aus Industrie und Forschung durchgefu00fchrt.nn##### Was wir erwartennn- Erfolgreich abgeschlossenes Masterstudium (oder ein vergleichbarer Abschluss) in Informatik, Physik, Mathematik oder einer verwandten Fachrichtung mit sehr guten Leistungenn- Fundierte Kenntnisse und praktische Erfahrung im Bereich tiefer neuronaler Netze (Deep Neural Networks)n- Kenntnisse und praktische Erfahrung in der Bildverarbeitungn- Sehr gute Programmierkenntnisse in Python, C++ oder einer vergleichbaren Programmiersprachen- Kreativitu00e4t sowie ein hohes Mau00df an Engagement und Problemlu00f6sungskompetenzn- Sehr gute Kenntnisse der englischen Sprache in Wort und Schriftnn##### Unser Angebotnn**Wir bieten** eine familienfreundliche Arbeitsumgebung durch flexible Arbeitszeiten, ein angenehmes Umfeld mit flachen Hierarchien und kurzen Entscheidungswegen,nn**sowie**nn- ein abwechslungsreiches, zukunftsorientiertes und verantwortungsvolles Aufgabengebiet,n- berufliche Fortbildungsmu00f6glichkeiten und Unterstu00fctzung in der fachlichen Weiterentwicklung,n- ergu00e4nzende Altersvorsorge (VBL),n- 30 Tage Jahresurlaub, flexible Arbeitszeiten (Gleitzeit),n- eine Vergu00fctung auf Basis des TV-L (Tarifvertrag fu00fcr den u00f6ffentlichen Dienst der Lu00e4nder) entsprechend der Qualifikation und Berufserfahrung mit Jahressonderzahlung,n- Hauptstadtzulage von bis zu 150 u20ac monatlich, alternativ BVG-Jobticket Differenzbetrag,n- die vergu00fcnstigte Nutzung der Mensen und des Sportprogramms der FU durch die enge Zusammenarbeit mit der Freien Universitu00e4t Berlin.nnDie Bewerbung von Frauen ist ausdru00fccklich erwu00fcnscht, da in der Informationstechnik Frauen unterrepru00e4sentiert sind und das ZIB bemu00fcht ist, den Anteil der Frauen in diesem Bereich zu erhu00f6hen.nnSchwerbehinderte werden bei gleicher Qualifikation bevorzugt.nnBitte reichen Sie Ihre Bewerbung mit den u00fcblichen Unterlagen **bis zum 22. Februar 2026** u00fcber unser Onlineformular ein.nn##### KontaktnnFor further information about the position, please refer to our website [www.zib.de](http://www.zib.de/) or contact Dr. Daniel Baum ( [baum@zib.de](mailto:baum@zib.de)).nn[Apply for this job](https://zuse-institut-berlin.jobs.personio.de/job/2495110?language=en&display=de#apply)nn##### u00dcber unsnnDas Zuse-Institut Berlin (ZIB) ist ein interdisziplinu00e4r arbeitendes Forschungsinstitut des Landes Berlin. Wir betreiben Forschung und Entwicklung in der anwendungsnahen Mathematik und praktischen Informatik sowie Analyse und Verarbeitung komplexer Daten in Verbindung mit Hochleistungsrechnen.nn##### Position DetailsnnWithin our Visual Data Analysis research group, part of the Visual and Data-Centric Computing department, we are looking for a full-time team member (39.4 hours per week) to join us as soon as possible. The position is initially limited until December 31, 2026. The salary will be based on TV-L remuneration group 13 in the German public sector pay scale, if the applicant meets the relevant wage requirements and qualifications.nn##### Your TasksnnWithin this project, you will develop and implement methods for the automated segmentation of three-dimensional (3D) image data of cellular and subcellular structures acquired by cryo-electron tomography. Like no other imaging technique, cryo-electron tomography allows the recording and analysis of structures of a living cell down to individual macromolecules. For the segmentation of these 3D data, which still represents a great challenge despite enormous progress in imaging, artificial neural networks shall be applied. The research and development work will be carried out in close cooperation with well-known and in their field leading partners from industry and research.nn##### Your Profilenn- A completed masteru2019s degree (or equivalent) in computer science, physics, mathematics or related disciplines with excellent gradesn- Advanced knowledge and experience with deep neural networksn- Knowledge and experience with image processingn- Good programming skills inu00a0Python, C++, or similar languagen- Creativity and a high degree of commitment to problem solvingn- Good command of written and spoken Englishnn##### What you can expectnn**We offer** a friendly work environment with flexible work and meeting times, excellent equipment and a challenging professional environmentnnas well asnn- an active onboarding process to provide new employees with the skills and knowledge that are important to their success in our institute and their careers,n- a varied, future-oriented and responsible field of activity,n- professional training opportunities and support in professional development,n- an additional pension scheme (VBL),n- 30 days annual leave, flexible working hours (flexitime),n- a salary based on TV-L (collective agreement for the public service of the federal states) in accordance with qualifications and professional experience with annual bonus payment,n- capital allowance of up to u20ac 150 per month, or alternatively a BVG job ticket plus the remaining balance,n- the use of canteens and sports programs of the Freie Universitu00e4t Berlin (FUB) at reduced rates.nnApplicants with disabilities will be given preference if equally qualified. Female applicants are highly encouraged to apply, since women are under-represented in natural sciences and ZIB seeks to increase the proportion of women in this field.nnPlease apply via our online application form by **February 22, 2026**, submitting your complete application including a curriculum vitae in tabular form and the standard supporting documents.nn##### ContactnnFor further information about the position, please refer to our website [www.zib.de](http://www.zib.de/) or contact Dr. Daniel Baum ( [baum@zib.de](mailto:baum@zib.de)).nn[Apply for this job](https://zuse-institut-berlin.jobs.personio.de/job/2495110?language=en&display=de#apply)nn##### About usnnThe Zuse Institute Berlin (ZIB) is a non-university research institute under public law of the state of Berlin, dedicated to interdisciplinary research in applied mathematics and data-driven science.nn[Apply for this job](https://zuse-institut-berlin.jobs.personio.de/job/2495110?language=en&display=de#apply)n",
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