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Position: PhD student (Research Scientist)
Institution: Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn
Location: Bonn, Nordrhein‐Westfalen, Germany
Duties: Planning, execution and evaluation of experiments; Employ different imaging sensors to measure vegetation traits of selected crop plants in the green-house and the field. The sensors include RGB cameras, multi- and hyperspectral cameras, as well as cameras to measure solar-induced fluorescence; Develop processes to translate these images into quantitative plant traits and spatially register these imaging data to develop time-series describing the seasonal dynamics of plant development; Interpret these spatio-temporal data scientifically and develop concepts how quantitative vegetation traits can be used to assess stress resilience in sets of Brassica species and genotypes as well as novel experimental hybrids
Requirements: MSc or equivalent degree in agronomy, plant biology, image processing, computer vision or a related field; Solid knowledge in image processing and interpretation of spectrally resolved imaging data; Demonstrable interest in using advanced image processing algorithms and approaches for basic and applied questions coming from molecular plant sciences and crop genetics; Good knowledge of written and spoken English; knowledge of German is a plus but not required
   
Text: The Rheinische Friedrich Wilhelms University of Bonn is an international research university with a broad spec-trum of subjects. 200 years of history, around 38,000 students, more than 6,000 employees and an excellent reputation at home and abroad: the University of Bonn is one of the most important universities in Germany and has just been awarded the title of Excellence University. Prof. Annaliese Mason and her group at the Department for Plant Breeding focus their research on polyploidy and interspecific hybridization, or in other words, how two different species can come together to form a new hybrid species. The goal is to use this common evolutionary process to improve crops in the genus Brassica, which includes important oilseed (rapeseed, turnip rape) and vegetable (cabbage, turnip rape, cauliflower, broccoli) crops. The group is applying a broad array of research methods, with a strong emphasis on genetics, genomics, cytogenetics and biotechnology. For more information: https://www.plantbreeding.uni-bonn.de/. In collaboration with Forschungszentrum Jülich (Shoot Dynamics Research group, led by Prof. Uwe Rascher) the Professorship for Plant Breeding is looking for a candidate to immediately fill a three-year position (working location Bonn/Jülich) of PhD student (Research Scientist 65%) The goal of this PhD project funded by the Cluster of Excellence PhenoRob is to evaluate the potential benefits of solar-induced fluorescence measurements for improvement of drought resistance in sets of Brassica species and genotypes as well as novel experimental hybrids. Your duties: • Planning, execution and evaluation of experiments • Employ different imaging sensors to measure vegetation traits of selected crop plants in the green-house and the field. The sensors include RGB cameras, multi- and hyperspectral cameras, as well as cameras to measure solar-induced fluorescence • Develop processes to translate these images into quantitative plant traits and spatially register these imaging data to develop time-series describing the seasonal dynamics of plant development • Interpret these spatio-temporal data scientifically and develop concepts how quantitative vegetation traits can be used to assess stress resilience in sets of Brassica species and genotypes as well as novel experimental hybrids • Understand how functional traits, such as improved water use efficiency or photosynthesis, can be quantified from non-invasive image data • Explore pathways how image data can be included into the genetic selection process while developing new measurement modes and concepts for data processing • Presentation of the results at scientific conferences and in scientific publications. Your profile: • MSc or equivalent degree in agronomy, plant biology, image processing, computer vision or a related field • Solid knowledge in image processing and interpretation of spectrally resolved imaging data • Demonstrable interest in using advanced image processing algorithms and approaches for basic and applied questions coming from molecular plant sciences and crop genetics • Good knowledge of written and spoken English; knowledge of German is a plus but not required • Goal-oriented, structured and team-minded way of working We offer: • A varied and challenging job • A diverse, interdisciplinary and highly dynamic research environment (PhenoRob Excellence Cluster) • The chance to complete a PhD qualification from The University of Bonn • A salary at the government pay-scale of 65% E13 TV-L (http://oeffentlicher-dienst.info/tv-l/allg/) • Opportunities for further training and education The University of Bonn is committed to equal opportunities and therefore explicitly welcomes diversity in terms of gender, age, origin, ethnicity, religion, disability, gender identity and sexual orientation. It is certified as a family-friendly university. Its goal is to increase the proportion of women in areas in which women are un-derrepresented and to particularly promote their careers. It therefore strongly encourages applications from women with relevant qualifications. Applications are handled in accordance with the State Equality Act. The application of suitable people with proven severe disabilities and persons of equal standing is particularly wel-come. If you are interested in this position, please send your complete application documents by 30.06.2021, quoting the reference number 23/21/3.202, for technical reasons only in a single PDF file by e-mail to aott@uni-bonn.de. Please submit a complete curriculum vitae, a cover letter in which your interests and experience are described in detail, and preferably three written references (or at least the contact details of the referees). For further information, please contact Prof. Annaliese Mason (annaliese.mason@uni-bonn.de) or Prof. Uwe Rascher (u.rascher@fz-juelich.de). Die Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn ist eine internationale Forschungsuniversität mit einem breiten Fächerspektrum. 200 Jahre Geschichte, rund 38.000 Studierende, mehr als 6.000 Beschäftigte und ein exzellenter Ruf im In- und Ausland: Die Universität Bonn gehört zu den bedeutendsten Universitäten Deutsch-lands und wurde gerade mit dem Titel Exzellenz-Universität ausgezeichnet. Prof. Annaliese Mason und ihre Gruppe am Institut für Pflanzenzüchtung (https://masonphaselab.com) kon-zentrieren sich in ihrer Forschungsarbeit auf Polyploidie und interspezifische Hybridisierung, also darauf, wie zwei verschiedene Arten zu einer neuen Hybridart gekreuzt werden können. Ziel ist es, diesen evolutionären Prozess zu nutzen, um Nutzpflanzen der Gattung Brassica zu verbessern. Zu dieser Gattung gehören wichtige Ölsaaten (Raps, Rübsen) und Gemüsepflanzen (Kohl, Raps, Blumenkohl, Brokkoli). Die Arbeitsgruppe verfügt über ein breites Methodenspektrum, mit einem starken Schwerpunkt auf Genetik, Genomik, Zytogenetik und Biotechnologie. Für weitere Informationen: https://www.uni-giessen.de/fbz/fb09/institute/plantbreeding/ipz/phase. In Zusammenarbeit mit dem Forschungszentrum Jülich (Forschungsgruppe Shoot Dynamics, Leitung Prof. Uwe Rascher) sucht die Professur für Pflanzenzüchtung am Standort Bonn zum nächstmöglichen Zeitpunkt eine/n Kandidaten/in zur sofortigen Besetzung einer auf drei Jahre befristeten Stelle eines/r Wissenschaftlichen Mitarbeiters/in (65%) Ziel dieses vom Exzellenzcluster PhenoRob geförderten Promotionsprojektes ist es, den potentiellen Nutzen der Messung solar induzierter Fluoreszenz (solar-induced fluorescence) zur Verbesserung der Trockenresistenz in Sets von Brassica-Arten und -Genotypen sowie in neuartigen experimentellen Hybriden zu evaluieren. Ihre Aufgaben: • Planung, Durchführung und Auswertung von Versuchen • Einsatz verschiedener bildgebender Technologien zur Erhebung von Vegetationsmerkmalen ausge-wählter Kulturpflanzen im Gewächshaus und im Feld. Zu den Sensoren gehören RGB-Kameras, Multi- und Hyperspektralkameras sowie Kameras zur Messung der solar induzierten Fluoreszenz • Entwicklung von Verfahren, um diese Bilder in quantitative Merkmale zu übersetzen und diese Bildda-ten räumlich zu registrieren, um Zeitreihen zu entwickeln, die die saisonale Dynamik der Pflanzenent-wicklung beschreiben • Wissenschaftliche Interpretation dieser räumlich-zeitlichen Daten und Entwicklung von Konzepten, wie quantitative Pflanzeneigenschaften genutzt werden können, um die Trockenresistenz in Sets von Brassica-Arten und -Genotypen sowie in neuartigen experimentellen Hybriden besser zu verstehen • Verstehen, wie funktionelle Merkmale, z.B. verbesserte Wassernutzungseffizienz oder Photosynthese, aus nicht-invasiven Bilddaten quantifiziert werden können • Untersuchung von Möglichkeiten, wie Bilddaten in den genetischen Selektionsprozess einbezogen werden können • Präsentation der Ergebnisse auf wissenschaftlichen Konferenzen und in wissenschaftlichen Publikatio-nen. Ihr Profil: • MSc oder gleichwertiger Abschluss in Agronomie, Pflanzenbiologie, Bildverarbeitung, Computer Vision oder einem verwandten Gebiet • Fundierte Kenntnisse in der Bildverarbeitung und Interpretation von spektral aufgelösten Bilddaten • Nachgewiesenes Interesse an der Anwendung fortgeschrittener Bildverarbeitungsalgorithmen und -ansätze für grundlegende und angewandte Fragestellungen aus den molekularen Pflanzenwissen-schaften und der Pflanzengenetik • Gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift; Deutschkenntnisse sind von Vorteil, aber nicht Bedingung • Zielorientierte und strukturierte Arbeitsweise sowie Teamfähigkeit Wir bieten: • eine abwechslungsreiche und anspruchsvolle Tätigkeit • ein vielfältiges, interdisziplinäres und dynamisches Forschungsumfeld (Exzellenzcluster PhenoRob) • die Möglichkeit zur Promotion an der Universität Bonn • Vergütung nach Entgeltgruppe E13 TV-L (65%, http://oeffentlicher-dienst.info/tv-l/allg/) • Fort-und Weiterbildungsmöglichkeiten Die Universität Bonn setzt sich für Chancengleichheit ein und begrüsst daher ausdrücklich Vielfalt in Bezug auf Geschlecht, Alter, Herkunft, ethnische Zugehörigkeit, Religion, Behinderung, Geschlechtsidentität und sexuelle Orientierung. Sie ist als familiengerechte Hochschule zertifiziert. Ihr Ziel ist es, den Frauenanteil in Bereichen, in denen Frauen unterrepräsentiert sind, zu erhöhen und ihre Karrieren besonders zu fördern. Sie fordert deshalb Frauen mit entsprechender Qualifikation nachdrücklich auf, sich zu bewerben. Bewerbungen werden nach dem Landesgleichstellungsgesetz behandelt. Die Bewerbung qualifizierter Menschen mit nachgewiesener Schwer-behinderung und gleichgestellter Personen ist besonders erwünscht. Wenn Sie sich für diese Stelle interessieren, senden Sie bitte Ihre vollständigen Bewerbungsunterlagen bis 30.06.2021 unter Angabe der Kennziffer 23/21/3.202 in einer einzigen PDF-Datei per E-Mail an aott@uni-bonn.de. Bitte reichen Sie einen vollständigen Lebenslauf, ein Anschreiben, in dem Sie Ihre Interessen und Erfahrungen detailliert beschreiben, und möglichst drei schriftliche Referenzen (oder zumindest die Kontaktda-ten der Referenzpersonen) ein. Für weitere Informationen kontaktieren Sie bitte Prof. Annaliese Mason (anna-liese.mason@uni-bonn.de) oder Prof. Uwe Rascher (u.rascher@fz-juelich.de).
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